بعد تولي السيسي الحكم رسميا في يونيو/حزيران 2014، تعرضت الجماعة لعمليات تصفية شاملة بضرب هيكلها التنظيمي وشل قدرتها على إعادة بناء قواعدها واستعادة وجودها الجماهيري، حيث وصل عدد المعتقلين لأكثر من 60 ألفا، غير من تعرضوا للإعدام والقتل داخل السجون.